En del av miljö- och hälsoskyddsenhetens arbete består av hälsoskydd och den viktigaste lagstiftningen inom detta område är miljöbalken. Det är främst Socialstyrelsen som ger ut föreskrifter, allmänna råd och riktvärden gällande hälsoskyddet. Exempel på vad hälsoskyddet omfattar är tillsyn av hygienlokaler, samlingslokaler, lokaler för undervisning och vård, inomhusmiljö, radon, buller och badvattenprovtagning samt det som enligt miljöbalken kallas olägenhet för människors hälsa.Lokaler för yrkesmässig hygienisk behandling till exempel solarier, frisörer, massage, akupunktur och tatuering, ska alltid anmälas till miljö- och hälsoskyddsenheten innan de tas i bruk. Även hotell, pensionat eller liknande lokaler, badanläggningar, idrottsanläggningar, campinganläggningar, gym samt lokaler för undervisning, vård eller annat omhändertagande ska anmälas till miljö- och hälsoskyddsenheten.